1869年のニーチェは24歳で、博士号も教員資格も取得していなかったが、リッチュルの「長い教授生活の中で彼ほど優秀な人材は見たことがない」という強い推挙もあり、バーゼル大学から古典文献学の教授として招聘されるという異例の抜擢を受けた。バーゼルへ赴任するにあたり、ニーチェはスイス国籍の取得を考え、プロシア国籍を放棄する（実際にスイス国籍を取得してはいない。これ以後、ニーチェは終生無国籍者として生きることとなる[3]）。 本人は哲学の担当を希望したが受け入れられず、古代ギリシアに関する古典文献学を専門とすることとなる。講義は就任講演「ホメロスと古典文献学」に始まるが、自分にも学生にも厳しい講義のスタイルは当時話題となった。研究者としては、古代の詩における基本単位は音節の長さだけであり、近代のようなアクセントに基づく基本単位とは異なるということを発見した。終生の友人となる神学教授フランツ・オーヴァーベック（Franz Overbeck）と出会ったほか、古代ギリシアやルネサンス時代の文化史を講じていたヤーコプ・ブルクハルトとの親交が始まり、その講義に出席するなどして深い影響を受けたのもバーゼル大学でのことである。
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1872年、ニーチェは第一作『音楽の精神からのギリシア悲劇の誕生』（再版以降は『悲劇の誕生』と改題）を出版した。これはショーペンハウエルの厭世主義思想の助けを借りながら、アポロ的／ディオニュソス的という対立概念によって「ギリシア悲劇の誕生と歴史的展開の分析」および「現代音楽による悲劇的精神の再生」を統一的な観点から考察するという試みであるが、結論としては現代におけるギリシア精神の体現者（正確に言うならば、ニーチェによるギリシア観の体現者）としてのヴァーグナーを称揚するというものである。
しかしリッチュルや同僚をはじめとする文献学者の中には、厳密な古典文献学的手法を用いず哲学的な推論に頼ったこの本への賛意を表すものは一人とてなかった。特にウルリヒ・フォン・ヴィラモーヴィッツ＝メレンドルフは『未来の文献学』と題した（ヴァーグナーが自分の音楽を「未来の音楽」と称していたことにあてつけた題である）強烈な批判論文を発表し、まったくの主観性に彩られた『悲劇の誕生』は文献学という学問に対する裏切りであるとしてこの本を全否定した。好意をもってこの本を受け取ったのは、献辞を捧げられたヴァーグナーの他にはボン大学以来の友人ローデ（当時はキール大学教授）のみである。こうした悪評が響いたため同年冬学期のニーチェの講義からは古典文献学専攻の学生がすべて姿を消し、聴講者はわずかに2名（いずれも他学部）となってしまう。大学の学科内で完全に孤立したニーチェは哲学科への異動を希望するが認められなかった。